Trong nước, Heraclius đã gặp phải nhiều khó khăn khi đối mặt với những vấn đề về nhóm Monosphysis, và ông đã không thành công trong việc nối lại tình đoàn kết giữa các Giáo hội: những vấn đề của câu hỏi trọng tâm về việc Chúa Giêsu chỉ có một hay hai nhân vật được pha trộn lại với nhau, đã phải đối phó với nghi lễ Ekthesis vốn được quan niệm,[46] theo Chúa Giêsu trong mọi trường hợp chỉ có một ý chí. Tuy nhiên, thất bại ngay cả giải pháp thỏa hiệp này, vì đa số trên cả hai bên vẫn kiên quyết từ chối và thiết kế này. Nói cách khác, vấn đề đoàn kết tôn giáo sau đó đã bị giải thể từ bên ngoài khi người Ả Rập chinh phục các tỉnh không có tín đồ theo đạo Chính thống.